シークエンシング

　機械の操作は使用説明書に従う。共通機器として設置されているABI PRISM 310 Genetic Analyzerはキャピラリー（細い管）の中で標識されたDNA断片を分離するシステムで、分離されたDNA断片からの蛍光をCCDカメラで読みとり、それをコンピューターで解析し塩基配列を得る。１サンプルにつき、2.5時間で約500塩基を読みとることができる。

ABI PRISM 310 Genetic Analyzer

方法：
(1)　熱処理したサンプルを機械にセットする。
(2)　バッファー、水を所定の位置にセットする。
(3)　ABI PRISM 310 Collectionアイコンをダブルクリックし、プログラムを立ち上げる。
(4)　FileメニューからNewを選択し、ダイアログボックスのSequence Sample Sheetをクリックする。
(5)　サンプル情報を入力し、サンプルシートを保存する。
(6)　FileメニューからNewを選択し、ダイアログボックスのSequence Injection listをクリックする。
(7)　メニューから先ほどのサンプルシートを選択する。
(8)　Moduleを選択する。
(9)　Injection listのRunボタンをクリックすると泳動が始まる。

シークエンサーで読みとった塩基配列の解析
　塩基配列はそのままではＡＴＣＧの羅列にすぎない。配列に潜んでいる情報を導き出すために、以下のような方法がとられる。
遺伝子解析ソフト（Genetyxなど）により、ベクター配列を除き、アミノ酸配列に変換し、タンパク質をコードしているかどうかを推測する。
塩基配列情報をWEB上の検索サイトで相同配列がないかを調べる（正確には調べてもらう）。検索するためのプログラムとしては、ＦＡＳＴＡやＢＬＡＳＴがあり、検索にはDNA配列vs DNAデータベース(blasn)、翻訳アミノ酸配列vsアミノ酸データベース(blastx)などが行える。WEBサイトとしては、
　日本DNAデータバンク（DDBJ）：
http://crick.genes.nig.ac.jp/homology/welcome.shtml
　解析に有用な分子生物学ツールのリンク集もある：
http://www.geocities.com/CapeCanaveral/Lab/7441/
　ゲノムデータベース関連：
http://www.genome.ad.jp/Japanese/
　文献検索ためのWEBサイト：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/では、塩基配列データやタンパク質データを入手することができる。
検索データはWEB上で閲覧することもできるが、検索に時間がかかる場合もあり、e-mailで送ってもらう方が現実的である。今回はあらかじめ取得したい配列が分かっているので検索データ中に該当するものがあるかどうかチェックする。